Fans van X-Men ’97 die aan het einde van het eerste seizoen met vragen bleven zitten, krijgen in het tweede seizoen snel antwoorden. De nieuwe afleveringen maken duidelijk wie verantwoordelijk was voor het tijdreizen van de X-Men, en waarom.
Aan het einde van seizoen 1 leek het alsof de X-Men om het leven waren gekomen bij de explosie van Magneto’s ruimtestation Asteroid M. In werkelijkheid werden ze echter door de tijd geslingerd. Cyclops en Jean Grey belandden in het jaar 3960, waar ze een mysterieuze telepaat tegenkwamen die zichzelf Mother Askani noemt. Daar ontmoetten ze ook een jonge versie van hun zoon Nathan, die zij nu herkennen als de toekomstige cyborg-soldaat Cable.
In de seizoenspremière van het tweede seizoen wordt ook het lot van Storm, Wolverine en Morph onthuld, die aan het einde van seizoen 1 nog vermist waren. Zij bleken eveneens naar de toekomst te zijn gestuurd. Tijdens deze aflevering biecht Mother Askani aan Storm op dat zij degene was die de X-Men door de tijd heeft gestuurd, en dat ze de groep bewust heeft opgesplitst.
De reden achter haar ingrijpen is urgent: de toekomst waarin Askani en haar Clan leven, staat volledig onder de tirannieke heerschappij van Apocalypse, de onsterfelijke mutant die de wereld wil ontdoen van alles wat hij als zwak beschouwt. De wereld is er kaal en verwoest, oceanen zijn verdwenen en rondom het fort van Apocalypse liggen de lichamen van zijn slachtoffers.
Om deze dystopische toekomst te voorkomen, greep Askani in op het moment van de explosie. Ze zorgde ervoor dat de X-Men niet stierven, maar verdeelde hen over twee tijdperken. De helft, waaronder Cyclops en Jean, stuurde ze naar de toekomst met één doel: Nathan trainen tot de krijger die Apocalypse uiteindelijk zal verslaan.
De andere helft van de groep, bestaande uit Professor X, Rogue, Magneto, Beast en Nightcrawler, werd teruggestuurd naar het oude Egypte. Daar moeten zij proberen te voorkomen dat Apocalypse überhaupt ooit de macht krijgt die hij in de toekomst bezit. In het seizoensfinale van seizoen 1 was al te zien hoe deze groep aankwam in het oude Egypte, waar ze de jonge Apocalypse ontmoetten onder zijn oorspronkelijke naam En Sabah Nur.
De nieuwe afleveringen van X-Men ’97 seizoen 2 bouwen zo voort op de rijke tijdreis-traditie binnen de X-Men-verhalen, een traditie die al in 1981 begon met de legendarische strip ‘Days of Future Past’ en later werd voortgezet in de animatieserie uit 1992. Het tweede seizoen gooit meteen hoge ogen door de grote vragen uit seizoen 1 snel te beantwoorden en tegelijkertijd nieuwe, nog grotere verhaallijnen in gang te zetten.
